Najistotniejsza zmiana wytycznych polega na doprecyzowaniu, co oznacza przykład negatywnej oceny projektu, od której przysługuje odwołanie. Za taką należy uznać przypadek, w którym „projekt przeszedł pozytywnie wszystkie etapy oceny, ale nie został zakwalifikowany do dofinansowania ze względu na wyczerpanie puli środków przewidzianych w ramach danego konkursu i w związku z tym został umieszczony na tzw. liście rezerwowej lub liście rankingowej na pozycji, która uniemożliwia podpisanie z takim wnioskodawcą umowy o dofinansowanie”. W takim przypadku umożliwiono więc wnioskodawcy wniesienie środków odwoławczych w celu weryfikacji wyników przeprowadzonej oceny, przez co zrównano sytuację prawną podmiotów wnioskujących o dofinansowanie w ramach jednego konkursu.

Jednakże zauważyć należy, iż w przypadku, gdy jedyną podstawą do niezakwalifikowania projektu do dofinansowania jest wyczerpanie alokacji, o której mowa w art. 30a ust. 1 pkt 2 ustawy, to w takim przypadku środki odwoławcze nie przysługują. W myśl bowiem art. 30a ust. 1 ustawy umowa o dofinansowanie projektu jest zawierana zgodnie z systemem realizacji programu operacyjnego, w odniesieniu do projektu: a) który pozytywnie przeszedł wszystkie etapy jego oceny i został zakwalifikowany do dofinansowania, oraz b) którego dofinansowanie jest możliwe w ramach dostępnej alokacji na realizację poszczególnych działań i priorytetów w ramach programu operacyjnego.

Powyższe przesłanki muszą być spełnione łącznie, a niezakwalifikowanie projektu do dofinansowania z uwagi na wyczerpanie alokacji, o której mowa w art. 30a ust. 1 pkt 2 ustawy, wynika wyłącznie z obiektywnych przyczyn niezależnych od właściwej instytucji, w związku czym wszczęcie procedury odwoławczej jest bezcelowe, bowiem jej wynik w żadnym przypadku nie doprowadziłby do podpisania umowy o dofinansowanie. Nowelizacja wytycznych wprowadziła dodatkowo polecenie, aby w ramach ponownej oceny przeprowadzonej w wyniku pozytywnego rozpatrzenia środków odwoławczych, weryfikowane były jedynie te elementy oceny pierwotnej projektu, które były przedmiotem procedury odwoławczej. Oznacza to, że oceniane ponownie będą jedynie sporne elementy, które zaważyły na otrzymaniu oceny uniemożliwiającej zakwalifikowanie projektu do dofinansowania, a nie cały projekt.