Kwestia kosztów zarządzania mimo że wielokrotnie bagatelizowana, to jednak w wielu przypadkach jest niezwykle istotna dla długoterminowego wyniku strategii. Dzieje się tak za sprawą działania procentu składanego. Do zobrazowania tej sytuacji może posłużyć fakt, iż mimo że możemy spotkać fundusze aktywnie zarządzane, które w krótkim horyzoncie osiągają wyniki znacząco lepsze od strategii benchmarkowych, to jednak z upływem czasu ich ilość systematycznie maleje. Jest to związane głównie z wyższym kosztem jaki jest związany z zarządzaniem takimi funduszami oraz kosztem opłat prowizyjnych. Tak wiec należy uznać, że kwestia kosztu opłaty za zarządzanie może być niezwykle istotnym czynnikiem szczególnie w długim okresie.

Kolejną kwestią istotną w koncepcji zautomatyzowanych systemów transakcyjnych jest chęć wprowadzenia systematyczności do działań inwestycyjnych. Zagadnienie to jest również niezwykle istotne, gdyż w wielu przypadkach o sukcesie strategii decydują pojedyncze inwestycje, a w przypadku braku systematyczności możliwe jest ich ominięcie lub ominięcie właściwego momentu ich dokonania. Główną kwestią i zapewne najważniejszą jest chęć uniknięcia emocjonalnego podejścia do procesu inwestycyjnego. Podejście takie może skutkować popełnianiem wielu błędów inwestycyjnych, nawet takich których jesteśmy świadomi, jednak pod wpływem emocji zapominamy o ich istnieniu i wadze.

Emocjonalne podejście do procesu inwestycyjnego zwykle powoduje zbyt szybką realizację zysku i zbyt późne ograniczanie strat. Kolejną kwestią która jest nierozłącznie związana z systemami transakcyjnymi jest wymuszanie przez tą metodę dużego stopnia kompleksowości w podejściu do decyzji inwestycyjnych. Niezależnie od ideologii na jakiej będzie bazował konkretny system, poprawne zastosowanie koncepcji systemów transakcyjnych wymusza uwzględnienie podczas budowy systemów modułów odpowiedzialnych za różnorakie aspekty procesu inwestycyjnego. Podstawowymi modułami są tu moduły odpowiedzialne za zajmowanie pozycji, moduł zarządzania ryzykiem i moduł zarządzania wielkością pozycji.

Tak więc nawet w najprostszych wariantach stosując systemy transakcyjne inwestor otrzymuje systematyczność, niższe koszty, zmniejszenie wpływu czynników związanych z emocjami oraz wprowadzenie do strategii elementów odpowiedzialnych za stabilizację linii kapitału i ograniczanie ryzyka. Istnieją trzy podstawowe grupy systemów transakcyjnych. Pierwszą grupą i najbardziej rozpowszechnioną są systemy oparte na analizie technicznej. Występują jednak również systemy oparte na analizie fundamentalnej i systemy łączące oba te podejścia. Niezależnie od idei jaka stoi za konkretną grupą systemów istnieją pewne zasady, które są im wspólne. Do zasad tych należy zaliczyć modułowość algorytmu, który powinien zawierać kilka modułów. Mimo iż za podstawowy często uznawany jest moduł odpowiedzialny za wyznaczanie pozycji rynkowej to jednak najważniejszy wydaje się być moduł odpowiedzialny za ryzyko.

Moduł odpowiedzialny za zarządzanie ryzykiem jest szczególnie istotny, gdyż decyduje on o stabilności systemu i zapobiega poniesieniu zbyt dużych strat w krótkim okresie. Element ten w poprawnie skonstruowanym systemie transakcyjnym powinien być wielopoziomowy. Oznacza to iż powinien odnosić się zarówno do obecnie posiadanych pozycji jak i globalnego kapitału pod nadzorem systemu. Powinien on uwzględniać ponadto elementy o charakterze bezwzględnym (nominalnym) jak i względnym (procentowym). Niezwykle istotne jest również aby model zarządzania ryzykiem odnosił się nie tylko do elementów wewnętrznych systemu, ale również reagował na zmiany poziomu ryzyka w otoczeniu zewnętrznym.