Nieodpowiednie uzasadnienie budżetu i rodzaju kosztów na etapie wnioskowania może być przyczyną nie uznania wydatków przez instytucję wdrażającą i w rezultacie może prowadzić do zmniejszenia kwoty dofinansowania. Na etapie rozliczenia konieczna jest odpowiednia i prawidłowa dokumentacja poniesionych kosztów. Zasada ta dotyczy także kosztów, które we wniosku o dofinansowanie zostały wskazane jako niekwalifikowane, ale stanowią istotny element projektu decydujący o jego spójności.

Przykład: W ramach projektu została wybudowana hala, w której tylko część powierzchni jest przeznaczona do celów realizacji projektu. W kosztach kwalifikowanych zostały ujęte wyłącznie koszty dotyczące wydzielonej części przeznaczonej na cele projektu. W takim przypadku w trakcie rozliczenia należy wykazać zarówno koszty kwalifikowane dotyczące części wydzielonej, jaki i niekwalifikowane dotyczące pozostałej powierzchni hali.

Etap badawczy - wynagrodzenia i amortyzacja

Podstawą rozliczenia wynagrodzeń jest lista płac zawierająca dane dotyczące pracowników zaangażowanych bezpośrednio w realizację projektu. Oprócz wartości wynagrodzenia należy opisać rodzaj i czas zaangażowania pracownika w realizację projektu. W tym celu wypełnia się kartę pracy przedstawiającą procent etatu wynikający z wkładu pracy na realizację projektu objętego umową o dofinansowanie. Przykładowo gdy pracownik na realizację zadania badawczego poświęcił 128 ze 160 godzin przepracowanych w miesiącu oznacza to, że podstawą refundacji kosztów lub rozliczenia zaliczki będzie tylko 80% jego wynagrodzenia. W ramach rozliczenia wynagrodzeń konieczne jest także udokumentowanie pozapłacowych kosztów pracy. W przypadku składek na ubezpieczenia społeczne i zdrowotne należy przedstawić kopie deklaracji rozliczeniowej ZUS DRA oraz imienne raporty o należnych składkach i wypłaconych świadczeniach ZUS RCX.

Niezbędne jest załączenie do wniosku o płatność dowodów zapłaty wynagrodzeń w postaci wyciągów bankowych lub potwierdzeń dokonania przelewów, a w przypadku pozapłacowych kosztów pracy także składek ZUS i podatku dochodowego od osób fizycznych. Koszty amortyzacji sprzętu i aparatury są rozliczane na podstawie tabel amortyzacyjnych. Amortyzacja sprzętu i aparatury jest kwalifikowana wyłącznie w zakresie i przez okres ich używania na potrzeby projektu badawczego. Jeżeli amortyzowany środek trwały został nabyty w trakcie trwania projektu, dodatkowo do wniosku o płatność należy załączyć faktury zakupu, dowody płatności oraz dokumenty OT - dokument przyjęcia środka trwałego.

Nabycie lub wytworzenie środka trwałego

W celu wykazania poniesionych kosztów nabycia środka trwałego, wraz z wnioskiem o płatność należy złożyć poświadczone za zgodność z oryginałem kopie faktur, dowody płatności, protokoły odbioru oraz dokumenty OT. Jeżeli dane urządzenie było wykorzystywane zarówno w ramach etapu badawczego jak i w ramach wdrożenia, to w części badawczej jako kwalifikowane mogą zostać uwzględnione odpisy amortyzacyjne. Natomiast w ramach rozliczenia II etapu jako kwalifikowalne może zostać uwzględniona cena nabycia urządzenia, pomniejszona o wartość odpisów amortyzacyjnych uwzględnionych jako wydatek kwalifikowany w I etapie projektu.