System Windows Mobile 6.1 został wyposażony w wstawkę Sliding Panel (Panel przesuwny), która umożliwia wyświetlenie najważniejszych informacji, takich jak zegar, powiadomienia (m.in. o poczcie głosowej, nieodebranych połączeniach, wiadomościach tekstowych), wiadomości e-mail, terminy spotkań, muzyka oraz opcjonalnie usługa Windows Live dla systemu Windows Mobile. Dodatkowo po wybraniu przycisku Menu Start ostatnio używane programy i aplikacje znajdują się u góry. Widok ostatnio używanych aplikacji może być wyłączony z panelu ustawień ekranu głównego.

Windows Mobile 6.1 umożliwia wyświetlenie historii wiadomości SMS w jednym widoku. Dane kontaktowe i nazwiska osób w wykazie wiadomości są hiperłączami, co pozwala na odpowiedź w formie wiadomości SMS, e-mail lub połączenia telefonicznego. Użytkownik może także wybrać kilka wiadomości e-mail lub SMS w widoku listy i wykonywać na nich różne operacje, takie jak usunięcie, przeniesienie, zaznaczenie jako przeczytane lub nieprzeczytane czy też oznaczenie flagą.

W urządzeniach z systemem Windows Mobile 6.1 Standard (bez ekranu dotykowego) są dostępne funkcje wybierania, wycinania, kopiowania i wklejania tekstu. Z funkcji tych można korzystać przy pisaniu wiadomości e-mail w programie Microsoft Office Outlook Mobile, pisaniu wiadomości SMS oraz wypełnianiu pól tekstowych w przeglądarce Internet Explorer Mobile.

Windows Mobile 6.1 udostępnia aplikację Task Manager (Menedżer zadań), która umożliwia wyłączanie aplikacji lub programów oraz przełączanie między nimi. Dodatkowo użytkownik ma dostęp do ogólnych informacji dotyczących wykorzystania pamięci i procesora urządzenia. Na przykład jeśli użytkownik chce słuchać muzyki za pomocą odtwarzacza Windows Media Player Mobile w czasie działania innych aplikacji, to może się pojawić komunikat informujący o niedostatecznej ilości pamięci do uruchomienia odtwarzacza. W takim przypadku możliwe jest, za pomocą menedżera zadań, wyświetlenie listy działających aplikacji i zamknięcie niepotrzebnych aplikacji w celu zwolnienia pamięci.

System Windows Mobile 6.1 został wyposażony także w:

• pomoc w konfiguracji urządzenia. Nowe centrum Getting Started umożliwia skonfigurowanie poczty elektronicznej, zestawu słuchawkowego Bluetooth lub sieci Wi-Fi.
• funkcje dostosowane do ekranu telefonu. System umożliwia znakowanie lub przenoszenie grup wiadomości, a także śledzenie rozmów przy użyciu wątków w komunikacji tekstowej. Pozwala też powiększać tekst lub obrazy, a także wyświetlać całe strony WWW na ekranie.
• ochronę informacji biznesowych - współpraca z System Center Mobile Device Manager 2008 i Exchange Server 2007 SP1. Rozwiązanie System Center Mobile Device Manager 2008 pozwala administratorom zarządzać telefonami komórkowymi podobnie jak komputerami PC z systemem Windows. Umożliwia też dostęp do danych firmy, które mogą znajdować się za zaporą sieciową. Z kolei Exchange Server 2007 SP1 pozwala firmom zarządzać i administrować zabezpieczeniami w telefonach, a jednocześnie umożliwia wyszukiwanie, współużytkowanie i wykorzystywanie informacji, niezależnie od tego, gdzie znajdują się dane.