Konsekwencją wykrycia nieprawidłowości w wykorzystaniu środków wsparcia z UE jest ich zwrot do budżetu Unii oraz wysokie sankcje finansowe. Polska została zaliczona przez autorów raportu do grona 11 krajów, w których nie wykryto dużych nieprawidłowości dotyczących kwoty powyżej 1 mln euro. W Polsce średnia kwota zgłaszanych nieprawidłowości to 6,3 tys. euro, podczas gdy np. we Włoszech kwota ta wyniosła 324 tys. euro, a najwięcej tzw. dużych nieprawidłowości wykrywanych jest we Włoszech, Grecji i Niemczech.

Zgodnie z raportem państwa członkowskie zgłosiły do Komisji Europejskiej 3.570 nieprawidłowości, z których 3.356 dotyczyło funduszy strukturalnych a 214 Funduszu Spójności. Całkowita kwota nieprawidłowości w roku 2005 wyniosła około 601 mln euro (467 mln euro fundusze strukturalne, 134 mln euro Fundusz Spójności). Zgłoszone nieprawidłowości stanowiły 1,56 proc. budżetu przeznaczonego na działania strukturalne w 2005 r.

Do najczęściej wykrywanych typów nieprawidłowości należą: przedstawianie do refundacji kosztów niekwalifikowanych, posługiwanie się dokumentami sfałszowanymi i potwierdzającymi nieprawdę oraz nieprzestrzeganie procedur związanych z zamówieniami publicznymi.

Od 1 maja 2004 r. do 31 maja 2006 r. Polska zgłosiła do KE 136 nieprawidłowości na kwotę około 822 tys. euro. Jednocześnie, instytucje odpowiedzialne za kontrolę i wydatkowanie środków z UE wykryły przed dokonaniem płatności nieprawidłowości na łączną kwotę powyżej 2 mln euro.